Mất ngôi vua Thụy Điển, Sigismund về nước và chuẩn bị kế hoạch nhờ quân đội của Nhà Habsburg (Áo) sang đánh Thụy Điển để lấy lại ngôi vua. Ý định này của ông ngay lập tức vấp phải sự phản đối bởi nhiều người trong vòng tròn của giới quý tộc giàu có Ba Lan (szlachta), đáng chú ý nhất là thủ tướng Jan Zamoyski. Điều này dẫn đến một cuộc nổi loạn bán hợp pháp chống lại nhà vua (rokosz), được gọi là Zebrzydowski Rebellion (1606–08) để phản đối Sigismund đàm phán với Nghị viện để được cơ quan này cho phép minh lấy lại ngôi vua Thụy Điển. Cuối cùng lực lượng của Sigismund đã chiến thắng, nhưng những kẻ nổi loạn đã không bị trừng phạt. Để xoa dịu nỗi bất mãn của quý tộc Ba Lan với mình, nhà vua hướng cho họ sang chiến tranh với Nga nhưng không quên mối hận với Thụy Điển[7].

Trong khi Sigismund không bao giờ giành lại ngai vàng Thụy Điển, nhưng ông đã thành công trong việc kích động nỗi căm thù của quý tộc Ba Lan chống Thụy Điển, vốn có liên minh tạm thời với Nước Nga Sa hoàng. Trong khi Sejm đang nỗ lực ngăn chặn nhiều kế hoạch của Sigismund (và sau này là con trai của ông, Władysław), triều đại Vasa dù sao cũng lôi kéo được Khối thịnh vương chung vào cuộc Chiến tranh Ba Mươi Năm. Cuộc xung đột với Thụy Điển, kết hợp với các cuộc chiến chống Ottoman và Muscovy, lên đến đỉnh điểm sau cái chết của Sigismund trong một loạt các sự kiện được gọi là Deluge Thụy Điển, kết thúc thời kỳ hoàng kim của Thịnh vượng chung Ba Lan - Lithuania kéo dài gần một thế kỷ.

Trong triều đại của mình, Sigismund đã cho phép tuyển hầu của nhà Brandenburg là Albert Frederick được kế thừa đất đai của đất công tước Prussia (Phổ). Quyết định này sau đó đã tăng cường mạnh mẽ quyền lực của công tước Prussia. Quân đội của Khối thịnh vương chung bị đánh tan ở Chiến tranh Bắc cực thứ hai dưới thời con trai là vua Ba Lan Jan II Casimir (1648 - 1668) trị vì. Theo các điều khoản và điều kiện của Hiệp ước Oliva, Phổ trở thành một quốc gia có chủ quyền, ngang hàng với Ba Lan, cùng với Áo và Đế quốc Nga, vào cuối thế kỷ 18.